使水仙长出的植株矮化，叶短小、呈浅黄绿色，很小生根或不生根，这种植株不久即枯死。

该病主要发生在植株地下部分，地上茎叶也有发生。生长期间，首先是地下部分感病，根系变褐色，呈水渍状腐烂，鳞茎基盘处出现褐色斑点并向上迅速蔓延，使鳞茎组织呈现深褐色或紫色腐烂，鳞片间可见白色或粉色丝状物，不久茎叶上产生褐色或紫褐色的不规则小斑，并逐渐扩大，重病株由于鳞茎腐烂，地上茎叶也枯死，感病轻的鳞茎，再次种植时，长出的植株矮化，叶短小、呈浅黄绿色，很小生根或不生根，这种植株不久即枯死。贮藏期间发病，鳞茎根部开始变褐、腐败，后期肉质部分干腐呈海绵状剥落，有时则坚硬如石。

水仙鳞茎基腐病的病原是一种真菌，即水仙尖镰除孢菌。

该菌在病株残体或土壤中存活、越冬，多从鳞茎及根部伤口侵入植株，因此，水仙在挖掘时受到损伤容易发病。种植有病鳞茎或连作发病重，贮藏场所通风不良也易发病。发病的适宜湿度为28－32摄氏度。在舟山地区，4月中旬以前由于气温低于19摄氏度，因而田间发病率很低；从5月份到收获期间，随着湿度升高，病情迅速发展，危害加重。 

1、选用饱满无病的种球。种球有可能带菌的，用43％福尔马林120倍液浸泡种球3．5小时。也可用50％多菌灵或65％代森锌可湿性粉剂500倍液，浸种球15—30分钟。

2、施用充分腐熟有机肥或酵素菌沤制的堆肥。

3、发病初期喷淋30%恶霉灵水剂（如国光三抗）1000倍液或70%敌磺钠可溶粉剂（如国光根灵）800-1000倍液 ，用药时尽量采用浇灌法，让药液接触到受损的根茎部位，根据病情，可连用2-3次，间隔7-10天。