飞燕草色二孢根颈腐烂病为飞燕草的重要病害。该病主要发生在根颈处，引起腐烂，也可造成茎、叶柄溃疡和坏死。 

感病植株病部产生黑色颗粒状物，排列成环状。一般植株生长2年以上才表现明显根腐，受病植株往往不能过冬。在春季，少数未受侵染的芽可长出枝条，但其基部迟早要发生腐烂。

病原为飞燕草色二孢菌(Diplodia dephinii)，隶属半知菌亚门、腔孢纲、球壳孢目、色二孢属真菌。

在潮湿条件下发病重，寄主多汁的组织受害较重。

①选择无病地或消毒土壤种植飞燕草。重病地实行轮作。
②减少侵染来源：拔除病株，彻底清除病残体，集中烧毁。 
 土壤处理。用40%拌种双或40%五氯硝基苯（如国光三灭），每平方米用药量6-8克撒入播种土拌匀。  
 发病初期若土壤湿度大，粘重，通透差，要及时改良并晾晒，再用药。用30%恶霉灵水剂（如国光三抗）1000倍液或70%敌磺钠可溶粉剂（如国光根灵）800-1000倍液 ，用药时尽量采用浇灌法，让药液基础到受损的根茎部位，根据病情，可连用2-3次，间隔7-10天。对于根系受损严重的，配合使用促根调节剂使用，恢复效果更佳。